Si estás en clases de Religión y Moral Católica en un IES es porque tus padres lo han elegido para ti.
Para que dejes de recibir clases de Religión y Moral Católica y vayas a clase de Alternativas de Estudio, habla con tus padres y expresa tu deseo, convénceles (tú, que los conoces, sabrás diseñar la estrategia más conveniente). A la hora de formalizar tu matrícula debe señalarse en el impreso esa opción. Aprende a rellenar ese impreso y, para que sea todo "más fácil", sólo tendrás que pedirle a alguno de tus padres que lo firmen...
Sobre las opiniones que emite tu profesor de Religión y Moral Católica en sus clases, lo mejor es una denuncia pública en los periódicos que, en tal caso, para que tenga su impacto, la hagan los propios padres descontentos con el elemento en cuestión. A la Iglesia Católica le molestan las opiniones publicadas en los periódicos y ya se quitarán de encima a ese elemento (despidiéndolo o pasando la desgracia a otro centro educativo).
Otra posibilidad que entraña más riesgos es que los propios estudiantes se organicen y muestren su disconformidad con las clases de ese profesor dirigiéndose por escrito al director o directora del IES. En este caso, la cosa se podrá quedar en una comunicación Director - Profe de Religión en el que le hable de la queja recibida y que exista cierta presión del resto de profes sobre éste último sobre sus opiniones que hará suavizar su estilo. También cabe una denuncia pública de los estudiantes sobre ese profe en cuestión... Con estas dos posibilidades, lo mejor es que busques asesoramiento para hacer bien las cosas. Sobre todo que no metas la pata con cuestiones legales, cometiendo infracciones que harán que la cosa se vuelva contra ti.